Beacon Designer 是一款由 Premier Biosoft 公司開發(fā)的引物和探針設計軟件。它提供了一套全面的工具和算法，用于設計高效、特異性和可靠的引物和探針序列，適用于各種分子生物學應用和實驗。軟件為用戶提供了多種引物設計算法，包括引物長度、Tm 值、GC 含量、二聚體形成和特異性等因素的考慮。它能夠自動設計引物序列，優(yōu)化設計參數，以確保引物的高效性和特異性。更是支持多種探針設計模式，如 TaqMan 探針、Molecular Beacons 和 Scorpions 探針等。用戶可以根據實驗需求選擇合適的探針類型，并根據設計參數生成可靠的探針序列，有需要的小伙伴快快下載體驗吧！

Beacon Designer PCR功能介紹

SYBR Green 試驗設計
SYBR Green 可能是實時PCR中最常用的化學分子。BeaconDesigner可以設計SYBR Green PCR引物，并且可以幫助您進行前導引物評估。您可以自主控制設計參數或者直接選擇由專家研究和交流后得到的默認值。同時您還可以針對特殊的實驗需要自己設置默認值。除了可以在目的基因的任意位置中定位引物，Beacon Designer 還可以跨內顯子-內顯子或外顯子-外顯子設計引物?？缤怙@子內含子連接的引物設計有助于選擇性地從gDNA中擴增得到cDNA。
HRMA 試驗設計
Beacon Designer提供了一個檢測突變的高效方法。相對于以探針為基礎的基因型分析，HRMA更經濟實惠。該軟件運用一種特有的專利的算法，能夠設計出檢測突變的最好引物。
HRMA引物被設計將感興趣的突變設計于最短的擴增子，能夠檢測到解鏈溫度變化。引物避免了模板的二級結構，保證了有效的引物延伸。HRMA引物可以在NCBI上比對核苷酸信息來檢測特異性。此外，預引物和已經發(fā)表的引物同樣可以用來檢測。
雙標簽探針設計
Beacon Designer目前支持基于四種探針的化學反應：
TaqMan 探針
使用Beacon Designe能夠幫助您研究不同基因表達以及單核苷酸多態(tài)性。同樣，您可以選擇LNA替代taqman探針，它比taqman探針更加穩(wěn)定。Beacon Designer可以幫助您設計甲基化的taqman探針。MethyLight 是一個高通量的分析，用來區(qū)別甲基化和非甲基化的DNA。通過Beacon Designer，可以通過設定甲基化和非甲基化鏈，以及未處理DNA序列的寡核苷酸來適當地控制引物和探針的設計。您可以使用這些化學物評估pre-designed/published的引物或TaqMan探針。設計完成之后，系統(tǒng)會根據不同的寡核苷酸屬性將設計的結果按性能排序并給出一個結果列表。
分子信標
設計或評估標準分子信標或用于NASBA分析的分子信標。NASBA是一個依賴引物的技術，用于單一混合物在一個溫度下的連續(xù)擴增。您可以設計單一溫度或多反應的分子信標。
Scorpions
Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設計。Scorpions分析不依賴于探針的酶活性口袋。引物和探針在反應過程中緊密的偶聯。
FRET探針
Beacon Designer可以對之前設計的FRET探針進行再設計和評估。BeaconDesigner 中，FRET探針能與SYBR Green偶聯在一起。
多重實時PCR分析
利用Beacon Designer，您可以根據多重實時PCR分析設計TaqMan，可多達5條包含參考基因選擇的序列。

軟件優(yōu)勢

1、強大的設計算法
Beacon Designer 集成了先進的設計算法，能夠生成高度特異性和高效的引物和探針序列。它考慮了多種因素，如引物間的配對和二聚體形成，以確保設計的引物和探針具有最佳的性能。
2、可靠的設計結果
Beacon Designer 提供準確的設計結果，并通過多個評估指標來驗證設計的質量。它能夠預測引物和探針的特性，如熔解溫度（Tm），峰值偏差和二聚體形成概率，從而幫助用戶選擇最佳的設計方案。
3、用戶友好的界面
Beacon Designer 提供直觀易用的界面，使用戶能夠輕松地進行引物和探針的設計。它提供了豐富的選項和參數設置，以滿足不同實驗需求，并且具有靈活的設計工作流程。
4、多種設計模式
Beacon Designer 支持多種設計模式，包括引物設計、探針設計和多引物設計。用戶可以根據實驗的要求選擇合適的模式，并進行定制化的設計。
5、綜合的設計報告
Beacon Designer 生成詳細的設計報告，包括設計的引物和探針序列、物理特性和評估結果。這些報告可以幫助用戶進行進一步的分析和決策。